在德国北部从新鲜农产品中分离的Enterobacteriaceae中的抗生素耐药性等离子体

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 食品安全 食品安全

背景情况:

• 肠杆菌属是新鲜农产品上常见的细菌.
• 这些细菌中抗生素耐药性基因 (ARG) 的存在和可转移性是一个日益严重的公共卫生问题.
• 新鲜产品,通常是生吃的,可以作为传染耐药细菌到人类的载体.

研究的目的:

• 为了研究从新鲜产品中分离出的Enterobacteriaceae的基因组含量,特别是质粒.
• 在这些分离物中确定抗生素和重金属耐药性基因的存在和特征.
• 评估从产品相关的Enterobacteriaceae中水平转移抗性决定因素的基因潜力.

主要方法:

• 使用MiSeq和MinION技术对22个Enterobacteriaceae分离物进行全基因组测序.
• 使用Unicycler进行测序基因组的混合组装.
• 等离子体分析,包括尺寸确定,复制物类型,以及携带抗性基因的移动遗传元素的识别.
• 暴徒组分析以确定等离子体的可转移性 (结合性/可调动性).

主要成果:

• 在22个分离物中,在17个分离物中确定了38个等离体,其大小从2,000到326,000 bp.
• 抗生素耐药性基因在11个质粒 (28.9%) 和重金属耐药性基因在7个质粒 (18.4%) 中被发现.
• 最常见的等离子体类型是IncF和Col复制物;可转移等离子体 (结合性/可移动) 占分析的65.7%.
• 在塑体和染色体上检测到携带ARG的1类整体和转位子.

结论:

• 来自新鲜农产品的肠杆菌在染色体和等离子体DNA上都携带ARG.
• 这些等离子体中很大一部分可能是可转移的,因此存在传播的风险.
• 原产品可以作为转移抗生素耐药性基因到人类胃肠道微生物群的通道.