一个哈普洛型解析的染色体尺度基因组,用于马卢斯家禽Borkh. "WA 38"就是一个"WA 38"

科学领域:

• 植物基因组学 植物基因组学
• 农业科学 农业科学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 基因组测序推进了色植物作物,为水果质量和抗病能力等特征提供了洞察力.
• 了解果品种基因组对于繁殖和改善收获后储存至关重要.

研究的目的:

• 为了呈现第一个分类型阶段的染色体级基因组组合,用于Malus domestica'WA 38' (Cosmic Crisp®).
• 为了使详细的基因组规模与其他果品种进行比较.
• 提供可复制和透明的基因组组装和注释工作流程.

主要方法:

• 利用短读和长读测序数据,采用基于k-mer的组装方法.
• 将父母染色体组合和分离成不同的哈普洛姆 (HapA来自"蜂",HapB来自"企业").
• 使用BUSCO来评估基因组完整性和注释基因含量.

主要成果:

• 成功生成了两个650 Mb的哈普罗姆组件 (HapA和HapB),BUSCO完整度为98.7%.
• 在HapA中注释了53028个基因,在HapB中注释了54235个基因.
• 与"Gala"和"Honeycrisp"品种相比,确定了显著的基因组结构和基因家族差异.

结论:

• 这是第一个果基因组完全分阶段转化为父母的单元型,提供了前所未有的细节.
• 基因组组装和注释为果育种和研究提供了宝贵的资源.
• 共享,容器化的工作流确保了未来基因组项目的透明度和可重复性.