一个基于R的交互式定制量化程序,用于牛奶中三糖醇的半量化分析
Wm Craig Byrdwell1, Kenneth F Kalscheur2
1Methods and Application of Food Composition Lab, Beltsville Human Nutrition Research Center, Agricultural Research Service, U.S. Department of Agriculture, Beltsville, MD, 20705, USA. Craig.Byrdwell@USDA.gov.
Analytical and bioanalytical chemistry
|September 17, 2024
概括
这项研究引入了一种可复制的基于R的定制量化程序 (CQP),用于使用液态染色体质谱法 (LC-MS) 分析牛奶脂中的三糖醇 (TAG). CQP提供透明的数据处理和分析,公开可用的代码和数据用于验证和调整.
科学领域:
- 分析化学 分析化学
- 生物化学 生物化学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 精确量化三糖醇 (TAG) 对于理解脂质代谢和营养科学至关重要.
- 现有的分析复杂脂质混合物的方法,如牛奶中的方法,往往缺乏透明度和可重复性.
研究的目的:
- 开发和验证一个基于R的开源定制定量化程序 (CQP) 用于牛奶脂提取物中TAG的半定量化.
- 通过用户编写的R脚本和互动的基于Web的报告,确保LC-MS数据分析的透明度和可重复性.
主要方法:
- 使用R编程语言和RStudio与"xcms"包用于峰值集成和保持时间对齐LC-MS数据.
- 开发了用户编写的基于R的定制量化程序 (CQP),用于使用内部标准对29个TAG区域异构体进行半量化.
- 采用各种校准模型,包括线性,多项式和功率匹配,使用不同的括号策略来确定最佳量化.
主要成果:
- 定制定量化程序显示高的确定系数 (r2 > 0.99) 的TAG定量化,与双括号的线性匹配显示最小的百分比差异的已知度.
- CQP生成了可验证和可重现的网页,详细说明了数据处理和量化每个步骤,包括交互式图表.
- 公开可用的数据 (DOI) 和R码有助于独立验证和量化方法的调整.
结论:
- 开发的基于R的CQP为LC-MS分析中TAG的半量化提供了一个透明,可重复和可定制的解决方案.
- 开源软件和公开可访问的数据促进了科学严谨性,并促进了脂管学和相关领域的进一步研究.
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