样本上下文化:通过样本和相关元数据收集,支持欧洲生物多样性的参考基因组
Astrid Böhne1, Rosa Fernández2, Jennifer A Leonard3
1Leibniz Institute for the Analysis of Biodiversity Change, Museum Koenig Bonn, Centre for Molecular Biodiversity Research, Adenauerallee 127, 53113, Bonn, Germany. a.boehne@leibniz-lib.de.
欧洲基因组参考图谱 (ERGA) 制定了收集和处理生物样本的标准化程序. 这确保了欧洲生物多样性的高质量的基因组数据,支持ERGA试点项目.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物多样性研究 生物多样性研究
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 欧洲参考基因组图谱 (ERGA) 联盟的目标是为欧洲的真核生物多样性创建一个全面的参考基因组目录.
- 生物样本通过泛欧洲网络采购,需要标准化的采集和处理协议.
- 启动ERGA试点项目是为了证明这一雄心勃勃的承诺的可行性.
研究的目的:
- 详细介绍ERGA采样和样品处理委员会 (SSP) 在制定标准化操作程序方面获得的经验和经验教训.
- 通过制定样本元数据收集,物种优先级和分类单元特定收集准则的标准,支持ERGA试点项目.
- 分享关于纳入 FAIR 和 CARE 原则,物种优先级和基因组资源计划工作流程开发的见解.
主要方法:
- 成立ERGA抽样和样本处理委员会 (SSP),由志愿专家组成.
- 为采样/标本元数据收集制定标准化协议.
- 建立物种优先级标准和特定分类群的收集准则,包括物流.
- 实施FAIR (可查找,可访问,可互操作,可重复使用) 和CARE (集体利益,控制权,责任,道德) 原则.
主要成果:
- 成功开发了样本采集和处理的标准化操作程序.
- 建立了一个清晰的途径,让样本提供者能够访问ERGA的基因组资源生产基础设施.
- 确保在整个样品生命周期中遵守ERGA的高质量标准.
- 在将FAIR和CARE原则集成到基因组数据工作流程中获得了宝贵的经验.
结论:
- ERGA SSP已经成功地开发和实施了对ERGA任务至关重要的标准化程序.
- 记录的经验为寻求建立强大的样本管理工作流程的其他基因组学计划提供了宝贵的资源.
- 标准化和遵守伦理原则是为生物多样性研究生成高质量,可靠的基因组数据的关键.
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