在Illumina甲基化微阵列上的Infinium探针不可靠性的技术和生物来源
Tatiana Nazarenko1,2,3, Charlotte Dafni Vavourakis1,2, Allison Jones3
1Research Institute for Biomedical Aging Research, Universität Innsbruck, 6020, Innsbruck, Austria.
Clinical epigenetics
|September 17, 2024
概括
这项研究评估了Illumina甲基化阵列的可靠性,这对于DNA甲基化研究至关重要. 一种新的方法可以识别和排除不可靠的探针,提高表观遗传研究的数据准确性.
科学领域:
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- Illumina甲基化阵列广泛用于健康和疾病中的DNA甲基化 (DNAme) 研究.
- 这些数组的可靠性或重复测量的一致性尚未得到充分证实.
- 了解探头可靠性对于准确地解释表观遗传数据至关重要.
研究的目的:
- 调查Illumina Infinium探头 (I型和II型) 的可靠性.
- 开发和验证一种方法,从DNA甲基化数据集中排除不可靠的探针.
- 提供指导和工具,以加强表观遗传学研究中的预处理管道.
主要方法:
- 提出了一种方法来排除不可靠的探测器,使用平均强度 (MI) 和"不可靠性"分数的动态值.
- 通过模拟技术噪声对甲基化β值的影响来估计探头的不可靠性.
- 使用Illumina MethylationEPIC BeadChip v1.0数据从配对样本和技术复制品以及450k数据集验证了该方法.
主要成果:
- 具有较低平均强度 (MI) 的探头在重复样本之间显示出β值的更高变化.
- MI与不可靠性得分有负相关性,并且与探针序列中的C基数有关.
- 不可靠性得分有效地捕获了不同数据集和数组版本的技术复制品中的β值变化.
- 新的MethylationEPIC BeadChip v2.0仍然包含许多探针,可靠性得分较差.
结论:
- 开发的方法有效地识别和量化Illumina甲基化阵列的探针可靠性.
- 低平均强度探针是DNA甲基化测量不可靠性的关键指标.
- 这些发现强调了在表观遗传学研究中需要仔细选择探头和预处理,即使是在较新的阵列版本中也是如此.
- 开发了一个R包,以方便计算MI和不可靠性得分,帮助研究人员进行数据质量控制.
