使用对接,分子动力学和DFT研究,对Xylocarpus granatum中的化合物作为潜在的Plasmodium berghei抑制剂进行计算探索
Gusnia Meilin Gholam1, Fachrur Rizal Mahendra1, Riyan Alifbi Putera Irsal2
1Department of Biochemistry, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Bogor Agricultural University, Dramaga Campus, Bogor 16680, Indonesia; Bioinformatics Research Center, Indonesian Institute of Bioinformatics (INBIO Indonesia), Malang, East Java, 65145, Indonesia.
这项研究通过计算确定了来自Xylocarpus granatum的kaempferol作为抗疟疾有前途的候选药物. 凯姆费罗尔通过与Plasmodium berghei细胞染色体b.有效相互作用,显示出克服阿托瓦抗性的潜力.
科学领域:
- 计算化学和分子建模.
- 药物的发现和开发.
- 寄生虫学和传染性疾病
背景情况:
- 疟疾仍然是一个重大的全球卫生挑战.
- 对抗疟疾药物阿托瓦昆的耐药性出现与细胞染色体b (cyt b) 的突变有关.
- 需要新型候选药物来对抗耐药疟疾菌株.
研究的目的:
- 通过计算方法从Xylocarpus granatum化合物中识别潜在的抗疟疾药物候选物.
- 评估这些化合物的与Plasmodium berghei细胞染色体b (cyt b) 的相互作用.
- 寻找能够克服现有的抗药机制的化合物.
主要方法:
- 对Plasmodium berghei cyt b的3D建模及其结合腔的识别.
- 计算分析包括Ramachandran情节,药物相似性和ADMET研究.
- 分子对接,分子动力学模拟 (MDS) 和DFT分析以评估结合能量和稳定性.
主要成果:
- 来自X. granatum的kaempferol表现出高结合能 (7.67 kcal/mol) 和有利的ADMET特性.
- 凯姆菲罗尔显示出抗原生动物活性 (PASS值:Pa 0.345 > Pi 0.009).
- 在kaempferol结合后,MDS显示了cytb的稳定相互作用和结构形状变化,与atovaquone对照相似.
结论:
- 凯姆菲罗尔是一种有前途的天然化合物,具有作为抗疟疾药物候选药物的潜力.
- 它有利的结合和稳定性表明它对抗耐药疟疾菌株的有效性.
- 进一步调查凯姆菲罗尔的治疗潜力是有必要的.
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