在胃癌中免疫细胞死亡的多omics特征通过结合单细胞测序分析和机器学习来确定
Shu-Long Dai1, Jian-Qiang Pan2, Zhen-Rong Su3
1Department of General Surgery, Deqing People's Hospital, Deqing Campus, Sir Run Run Shaw Hospital, School of Medicine, Zhejiang University, 120 South Yingxi Road, Deqing, 313200, Zhejiang, P. R. China. 13868299400@163.com.
Scientific reports
|September 18, 2024
概括
这项研究确定了与胃癌 (GC) 中免疫细胞死亡 (ICD) 相关的关键基因. 发现LBH基因促进GC入侵和转移,提供潜在的治疗点.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 遗传学 遗传学 是一个
背景情况:
- 胃癌 (GC) 带来了重大的死亡率挑战.
- 免疫性细胞死亡 (ICD) 影响抗瘤免疫力和瘤微环境 (TME),但其在GC中的作用尚不清楚.
研究的目的:
- 确定与ICD相关的基因,并构建胃癌的预测特征.
- 研究ICD相关基因与GC免疫微环境,入侵和转移之间的相关性.
主要方法:
- 利用单细胞和大批转录组测序,WGCNA和差异表达分析.
- 开发了一种与ICD相关的基因签名 (ICDRS),使用具有101个算法的机器学习框架.
- 进行了多组学分析 (单细胞,批量转录组学,蛋白质组学) 和免疫组织化学染色.
主要成果:
- 确定了59个与ICD相关的基因,并开发了一个强大的ICDRS,确定了五个枢纽基因:SMAP2,TNFAIP8,LBH,TXNIP和PIK3IP1.
- 证实了枢纽基因和GC免疫微环境特征之间的强烈相关性.
- LBH与预后不佳,入侵和转移有显著的关联,通过表皮-介质细胞过渡 (EMT) 途径激活促进GC细胞入侵.
结论:
- 这项研究确定了一种新的ICD相关的胃癌基因签名.
- 确定LBH是GC入侵和转移的关键驱动因素,表明其作为治疗点的潜力.
