Jove
Visualize
联系我们
JoVE
x logofacebook logolinkedin logoyoutube logo
关于 JoVE
概览领导团队博客JoVE 帮助中心
作者
出版流程编辑委员会范围与政策同行评审常见问题投稿
图书馆员
用户评价订阅访问资源图书馆顾问委员会常见问题
研究
JoVE JournalMethods CollectionsJoVE Encyclopedia of Experiments存档
教育
JoVE CoreJoVE BusinessJoVE Science EducationJoVE Lab Manual教师资源中心教师网站
使用条款与条件
隐私政策
政策

相关概念视频

您也可能阅读

相关文章

通过共同作者、期刊和引用图与本文相关的文章。

排序
Same author

In situ graphene-seq: spatial transcriptomics and chronic electrophysiological characterization of tissue microenvironments.

Nature communications·2026
Same author

ACLY integrates metabolism and chromatin accessibility to enable B Cell activation and humoral immunity.

bioRxiv : the preprint server for biology·2026
Same author

The Association of Osteoarthritis With De Novo Inflammatory Arthritis in Patients Receiving Immune Checkpoint Inhibitors: A Retrospective Study.

Arthritis care & research·2026
Same author

Uncovering spatially resolved functional genomics with CRISPR screen sequencing.

Cell·2026
Same author

Inflammatory arthritis irAE may represent a unique autoimmune disease primarily driven by T cells but likely not autoantibodies.

Science advances·2026
Same author

Beyond the Sequence: Chemical and Topological Design and Innovations in mRNA Therapeutics.

Chemical reviews·2026

相关实验视频

Updated: Jun 12, 2025

Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection
09:19

Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection

Published on: July 6, 2022

4.9K

在单细胞分辨率下搜索和匹配空间omics样本.

Zefang Tang1,2, Shuchen Luo1,2, Hu Zeng1,2

  • 1Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA.

Nature methods
|September 18, 2024
PubMed
概括

我们开发了CAST,这是一种新的深度图神经网络方法,用于对齐和比较跨不同技术和样本的空间omics数据. 这种工具能够对分子特征进行详细的空间分析和可视化,从而促进更深入的生物学见解.

更多相关视频

Isolation of Nuclei from Flash-Frozen Liver Tissue for Single-Cell Multiomics
09:09

Isolation of Nuclei from Flash-Frozen Liver Tissue for Single-Cell Multiomics

Published on: December 9, 2022

5.6K
Author Spotlight: Unlocking the Mysteries of Oral Potential Malignancies
05:42

Author Spotlight: Unlocking the Mysteries of Oral Potential Malignancies

Published on: August 11, 2023

1.0K

相关实验视频

Last Updated: Jun 12, 2025

Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection
09:19

Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection

Published on: July 6, 2022

4.9K
Isolation of Nuclei from Flash-Frozen Liver Tissue for Single-Cell Multiomics
09:09

Isolation of Nuclei from Flash-Frozen Liver Tissue for Single-Cell Multiomics

Published on: December 9, 2022

5.6K
Author Spotlight: Unlocking the Mysteries of Oral Potential Malignancies
05:42

Author Spotlight: Unlocking the Mysteries of Oral Potential Malignancies

Published on: August 11, 2023

1.0K

科学领域:

  • 计算生物学 计算生物学
  • 生物信息学是一种生物信息学.
  • 基因组学和分子生物学

背景情况:

  • 空间奥米克技术提供了前所未有的洞察力,可以在它们的空间背景下了解组织的分子特性.
  • 整合和比较跨不同技术和模式的空间信息数据仍然是一个重大挑战.
  • 缺乏用于比较分析的工具阻碍了在多个空间奥米克样本中搜索,匹配和可视化分子相似性和差异.

研究的目的:

  • 引入CAST (空间奥米克交叉样本对齐),一种基于神经网络的新型深度图形神经网络方法.
  • 为了使空间到空间的搜索和匹配的单细胞数据跨不同的空间奥米克技术和模式.
  • 为空间分子特征的比较分析和空间解析的多原子形状的重建提供框架.

主要方法:

  • 开发CAST,这是一个深度图形神经网络方法,用于空间奥米克数据集成.
  • 基于单细胞水平的空间分子特征的内在相似性,组织的调整.
  • 实现空间分辨差异分析 (∆Analysis) 和单细胞相对转换效率分析.

主要成果:

  • CAST成功地调整了组织,并重建了空间分辨率的单细胞多原子形状.
  • 空间分辨差异分析 (∆Analysis) 有效地确定了与疾病相关的分子途径和细胞与细胞相互作用.
  • 单细胞相对转化效率分析揭示了不同细胞类型和组织区域的转化控制的差异.

结论:

  • CAST提供了一个整合性框架,用于无搜索和匹配单细胞空间数据.
  • 该方法可方便跨技术和跨模式对空间空间数据集进行比较.
  • CAST增强了发现组织内的空间分子模式,疾病机制和细胞通信的能力.