综合的转录组分析揭示了在高温压力下鱼的心血管相关分子机制的扰动
Jigang Lu1, Yihao Zhu1, Shicen Wei1
1Key Laboratory of Exploration and Utilization of Aquatic Genetic Resources, Ministry of Education, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, PR China; International Research Center for Marine Biosciences, Ministry of Science and Technology, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, PR China; College of Fisheries and Life Science, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, PR China.
Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics
|September 19, 2024
概括
全球变暖在鱼水产养殖中造成热应激. 这项研究确定了鱼心脏中的六个标记基因,这些基因表明在高温下心脏功能受损,为水产养殖管理提供了洞察力.
科学领域:
- 水产养殖是水产养殖的一种方式.
- 环境压力 环境压力
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 全球变暖加剧了鱼水产养殖中的热应激挑战.
- 鱼对高温心脏反应的分子机制尚不清楚.
研究的目的:
- 研究高温压力对鱼心脏的转录基因景观的影响.
- 鉴定了鱼心脏功能中热应激的分子标记物.
主要方法:
- 在不同温度 (28°C,36°C,39°C) 下对鱼心脏 (Oreochromis aureus,Oreochromis niloticus和杂交物) 的RNA测序.
- 采用多种方法的转录组分析,包括DEG,WGCNA,FCM,SOM和SVM-RFE.
- 利用基因组丰富分析和GENIE3进行途径分析.
主要成果:
- 在39°C的鱼心中鉴定了六种特定标记基因 (ptges3, tuba1a, ran, tcima, slc16a1, fam184b).
- 这些标记基因在高温压力下表达增加和正相关性.
- 发现标记基因调节心肌细胞中的上腺体信号传递,血管光滑肌收缩和心肌收缩.
结论:
- 高温压力激活标记基因,导致抑制关键心血管路径和心脏功能受损.
- 已识别的标记基因可以作为蒂拉皮亚心脏表现的动态热指标.
- 这些发现为改善在热应激条件下的鱼养殖管理提供了理论基础.
