长时间读取的基因组测序和变异重新分析增加了神经发育障碍的诊断产量

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 罕见疾病的诊断 罕见疾病的诊断
• 分子遗传学 分子遗传学

背景情况:

• 短读基因组测序 (srGS) 在罕见遗传疾病的综合变异检测方面存在局限性.
• 长时间读取基因组测序 (lrGS) 对罕见疾病所提供的诊断产量的精确增加仍然是不充分的.

研究的目的:

• 评估 lrGS 的诊断效用,以识别具有负 srGS 结果的罕见疾病试验对象的遗传变异.
• 量化 lrGS 与 srGS 相比在未诊断的罕见疾病病例队列中提供的额外诊断产量.

主要方法:

• 使用太平洋生物科学HiFi技术在96名罕见疾病探测器上进行了lrGS.
• 生成和分析hg38对齐的变体和新阶段的基因组组合.
• 根据临床标准进行注释,过和策划的变体.

主要成果:

• 在16.7% (16/96) 的试验对象中发现了新的疾病相关的遗传发现,其中9.4% (8/96) 具有致病性或可能致病性变体.
• 与srGS相比,irrGS提供了相当大的额外诊断收益率 (7.3%,7/96),检测了srGS错过的复杂变体,如CNV,反转和重复扩张.
• 九名试验者 (9.4%) 由于精确的lrGS调用而具有改变临床解释的变异,通常与最近的基因疾病发现有关.

结论:

• 长读基因组测序显著提高了罕见遗传疾病的分子诊断产量,特别是对短读测序负的病例.
• lrGS揭示了复杂的结构变异和重复扩张,这些变异通常是具有挑战性的或不可能用srGS准确检测的.
• 随着技术和分析管道的成熟和更大的数据集的可用性,IrGS的诊断产量预计将增加.