结合光学基因组映射和RNA-seq用于在未解决的神经发育障碍中检测和解释结构变异
Bing Xiao1, Xiaomei Luo1, Yi Liu1
1Department of Pediatric Endocrinology and Genetic Metabolism, Science and Education Building, Xinhua Hospital Affiliated to Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai Institute for Pediatric Research, Room 801, No.1665, Kong Jiang Road, Shanghai, 200092, China.
Genome medicine
|September 19, 2024
概括
光学基因组映射 (OGM) 和RNA测序 (RNA-seq) 能够有效地检测和解释神经发育障碍 (NDD) 中的结构变异 (SV),而这些变异被外基因组测序 (ES) 遗漏. 这种综合方法有助于诊断复杂的遗传病例,改善了对NDD的遗传测试.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 医学遗传学 医学遗传学
背景情况:
- 结构变异 (SV) 是神经发育障碍 (NDD) 的重要遗传原因.
- 外体序列测序 (ES) 在检测SV方面存在局限性,造成了诊断缺口.
- 光学基因组映射 (OGM) 是一种新兴技术,解决了SV检测挑战.
研究的目的:
- 评估OGM和RNA-seq在检测和解释NDD患者中SV的联合实用性,ES结果不确.
- 评估整合这些先进的基因组技术的诊断产量.
主要方法:
- 对43名NDD患者进行了OGM,ES结果不确定的.
- 候选SVs被识别,验证,并使用长读序列等方法重建.
- 用RNA测序 (RNA-seq) 来通过分析基因表达来评估已识别的SVs的致病性.
主要成果:
- 组合的转基因和RNA-seq方法确定了四个候选的SV,在三个案例中证实了病原性.
- 两个自体主导NDD (MBD5删除,PAFAH1B1重复) 和一个自体递归NDD (PLA2G6重复) 的诊断得到了实现.
- 有关染色体2和6的复杂重组被OGM检测到,但由于保存的基因表达,其致病性仍然不确定.
结论:
- 转基因有价值的识别SVs,特别是在非编码区域,并表征复杂的重排.
- RNA-seq有助于解释SVs在转录水平上的功能影响.
- 将转基因生物和RNA-seq结合在一起,为诊断ES阴性NDD病例提供了一个强大而可行的策略.
