多祖先GWAS揭示了与LINE-1和Alu插入数字的人类变异相关的位点
Juan I Bravo1, Lucia Zhang1,2, Bérénice A Benayoun1,3,4,5,6
1Leonard Davis School of Gerontology, University of Southern California, Los Angeles, CA 90089, USA.
像LINE-1和Alu这样的可转移元素 (TE) 可以变得活跃并引起疾病. 这项研究使用全基因组关联研究来确定调节不同人群中TE活动的遗传因素.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 人类遗传学 人类遗传学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 包括LINE-1 (L1) 和Alu在内的可转移元素 (TE) 构成了人类基因组的很大一部分.
- TE动员会导致病态效应,使其调节成为研究的关键领域,特别是在衰老和疾病中.
- 控制TE活动的机制尚未完全理解,特别是在不同的人群中.
研究的目的:
- 在不同的人群中研究L1和Alu可移植元素插入数的遗传调节.
- 识别与可移植元素变异相关的新型遗传位置和机制.
主要方法:
- 利用1000个基因组项目的基因组数据进行L1/Alu插入单子的跨种族全基因组关联研究 (GWAS).
- 分析了单核酸变体 (SNVs) 和它们与TE插入数的关联.
- 包括对参考TE拷贝,结构变异和来自淋巴细胞细胞的转录数据的分析.
主要成果:
- 在已知和潜在的可转移元素调节基因的区域中确定了SNV,在已知L1调节剂中进行丰富.
- 发现了特定TE拷贝,结构变异和L1/Alu单元数之间的关联.
- 转录分析揭示了L1/Alu单元的个体中潜在的细胞周期变化.
结论:
- 确定已知的可转移元素调节机制可能在不同的人类群体中活跃.
- 扩大了影响可转换元素插入变性的基因组位点目录.
- 加强了可移植元素和人类疾病之间的联系.
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