FixNCut:通过可逆固定进行单细胞检测的样品保存的实用指南
Shuoshuo Wang1,2, Laura Jiménez-Gracia3,4, Antonella Arruda De Amaral1,2
1Spatial Technologies, Beth Israel Deaconess Medical Center, Harvard Medical School, Boston, MA, USA.
Bio-protocol
|September 24, 2024
概括
本指南优化了FixNCut协议的可逆细胞固定,从而实现灵活的单细胞分析. 这种方法保持了样品完整性和RNA/DNA质量,最大限度地减少了各种研究应用的工件.
科学领域:
- 单细胞生物学 单细胞生物学
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 标准的单细胞实验需要立即处理样本以保持细胞完整性.
- 现有的固定方法,如化固定,在物种的可用性和下游应用的兼容性方面存在局限性.
- 压力和亡人工物可以损害脆弱细胞群中的数据质量.
研究的目的:
- 为FixNCut可逆固定协议提供一个优化和强大的实用指南.
- 通过将样本采集与下游测试脱而出,实现灵活,分散的单细胞分析工作流.
- 为了促进FixNCut适应各种单细胞应用和非常规的研究设计.
主要方法:
- 优化FixNCut可逆固定协议的广泛适用性.
- 证明FixNCut与单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单细胞ATAC测序 (scATAC-seq) 的兼容性.
- 验证FixNCut保存RNA和DNA完整性的能力,并最大限度地减少细胞工件.
主要成果:
- 优化的FixNCut协议有效地将样本采集与下游单细胞测试脱.
- FixNCut保留了细胞和分子结构,包括RNA和DNA完整性,同时最大限度地减少了文物.
- 该协议支持灵活的工作流程,使多中心研究和各种样本类型成为可能.
结论:
- 该FixNCut协议提供了一种多功能解决方案,以保持样品质量,并使先进的单细胞分析.
- 这种方法提高了样品处理和加工的灵活性,克服了传统方法的局限性.
- FixNCut为单细胞研究打开了新的可能性,包括大规模的合作研究和复杂的实验设计.
