scMMO-atlas:用于探索细细胞异质性和细胞动态的单细胞多式体态天文图谱和门户

科学领域:

• 单细胞生物学 单细胞生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 单细胞多模式测序 (scMMO) 提供了对细胞异质性和动态的深入洞察.
• 现有的scMMO数据是分散的,阻碍了全面的分析和利用.
• 一个集中式数据库对于访问和挖掘scMMO数据至关重要.

研究的目的:

• 构建一个全面的单细胞多式联络数据库和交互式门户网站.
• 整合多样化的scMMO数据集,以加强生物发现.
• 提供一个可视化平台,并对多式联网电信数据进行特色分析.

主要方法:

• 收集和整合了各种单细胞多模式奥米克数据集,包括scATAC+RNA,scRNA+蛋白,scATAC+蛋白和三模式奥米克.
• 开发了scMMO-atlas数据库和交互式门户 (https://www.biosino.org/scMMO-atlas/).
• 在小鼠大脑皮层 scATAC+RNA 数据上进行了综合分析.

主要成果:

• scMMO-atlas数据库包含来自27个组织/器官的3,168,824个细胞,涵盖多种scMMO技术.
• 综合分析在小鼠大脑皮层中发现了新型细胞子集,如Astro-Grm3和Ex-L6-Tle4-Nrf1原体.
• 该门户网站允许交互可视化和分析单个模式和集成数据.

结论:

• scMMO-atlas提供了有价值的细胞图谱和数据库,大大促进了scMMO数据的利用.
• 综合大数据方法增强了新细胞类型和生物见解的发现.
• 这种资源使研究人员能够更有效地探索细胞异质性和动态.