基因组挖掘分析揭示了先前未知的二次代谢物的生物合成能力在Verrucomicrobia中

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物化学 生物化学

背景情况:

• 虫微生物是一种广泛存在的细菌,种植能力有限,导致它们的二次新陈代谢和生态功能存在知识差距.
• 了解Verrucomicrobia的生物合成能力对于发现新的生物活性化合物至关重要.

研究的目的:

• 为了研究二次代谢物生物合成基因集群 (BGCs) 在Verrucomicrobia类中的多样性和新奇性.
• 探索来自Verrucomicrobia的二次代谢产物的生态作用和潜在应用.

主要方法:

• 使用基因第一方法分析了2323个Verrucomicrobia基因组.
• 生物合成基因集群 (BGCs) 被确定并分类为基因集群家族 (GCFs).
• 与生物合成基因集群 (MIBiG) 数据库的最小信息进行了比较,以评估新性.

主要成果:

• 总共有7552个BGC被确定,包括烯,多基和非核糖体集群.
• 3887个独特的GCF被归类,只有6个在MIBiG中具有已知的参考集群,表明高新性.
• 未分类的Verrucomicrobia物种含有很大比例 (37.8%) 的这些BGC,特别是在土壤环境中.
• 甲菌和甲基菌属显示出高的BGC丰富性和多样性,在甲菌中发现了一种新的NRPS-PKS BGC.

结论:

• 维鲁科米克罗比亚具有丰富且基本上新的二次代谢物生物合成潜力的剧目.
• 已识别的BGC为Verrucomicrobia的生态功能提供了洞察力,并为发现新的生物活性化合物提供了基础.
• 对未经分类的Verrucomicrobia物种和像Luteolibacter这样的多产品种进行进一步的研究是有必要的,以发现药物和了解微生物生态.