来自接受组合治疗的肝细胞癌患者的血蛋白质组分析协议
Zhi-Feng Pan1, Ling Du1, Feng Liu1
1Minhang Hospital, and the Shanghai Key Laboratory of Medical Epigenetics, the International Co-laboratory of Medical Epigenetics and Metabolism, Ministry of Science and Technology, Institutes of Biomedical of Sciences, Fudan University, 131 DongAn Road, Shanghai 200032, China.
STAR protocols
|September 25, 2024
概括
本研究概述了一项分析肝细胞癌 (HCC) 患者血蛋白质组的方案,这些患者接受了伦瓦提尼布和抗编程死亡-1 (PD-1) 抗体的联合治疗. 该方法详细介绍了数据解释和下游分析,用于生物标志物发现.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 翻译医学是一种翻译医学.
背景情况:
- 肝细胞癌 (HCC) 是一个重大的全球健康挑战.
- 与伦瓦提尼布和抗编程死亡-1 (PD-1) 抗体的联合治疗在HCC治疗中显示出有前途.
- 了解与此疗法相关的血蛋白质组变化对于患者分层和治疗反应预测至关重要.
研究的目的:
- 介绍一项详细的方案,用于对接受伦瓦替尼和抗PD-1抗体联合治疗的HCC患者的血蛋白质组的综合分析.
- 建立用于质谱数据解释和下游生物信息学分析的标准化方法.
- 促进识别与治疗疗效和患者结果相关的潜在的基于血的生物标志物.
主要方法:
- 从接受组合治疗的HCC患者收集和准备血样本.
- 基于质谱的蛋白质组分析.
- 使用MaxQuant进行数据库搜索,过和规范化的数据处理.
- 下游分析包括差异表达,功能丰富,相关性,聚类和生存分析.
主要成果:
- 该协议使得在对仁巴替尼和抗PD-1联合治疗的反应中能够识别出不同的代谢和蛋白质突变特征.
- 描述的方法允许对复杂的质谱数据进行可靠的解释.
- 下游分析为发现潜在生物标志物和理解治疗机制提供了一个框架.
结论:
- 本协议提供了一个标准化的方法,用于血蛋白质组分析的hcc患者治疗lenvatinib和抗pd-1治疗.
- 该方法支持发现用于预测治疗反应和患者生存的新生物标志物的发现.
- 这项工作有助于在肝细胞癌治疗中推进精准医学.
