EXCRETE的工作流使微生物细胞外环境的深层蛋白质学成为可能

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 生物化学 生物化学

背景情况:

• 细胞外蛋白质显著影响微生物群落,影响生态系统和人类健康.
• 关于许多无处不在的微生物中分泌的蛋白质的知识有限.
• 了解微生物分泌物对各种科学和生物技术应用至关重要.

研究的目的:

• 引入EXCRETE (通过质谱学进行增强的外蛋白质组表征),这是一种用于全面微生物外蛋白质组分析的新工作流.
• 将EXCRETE的性能与使用蓝藻菌的现有方法进行比较.
• 为了适应EXCRETE用于高通量应用,并分析各种蓝藻细菌物种.

主要方法:

• 开发使用质谱学进行微生物外蛋白质组表征的EXCRETE工作流程.
• 与当前识别细胞外蛋白质的方法进行比较.
• 将EXCRETE小型化并调整为96井高通量格式.
• 在不同种植条件下,将EXCRETE应用于各种蓝藻细菌物种.

主要成果:

• 与现有的方法相比,EXCRETE显著增加了细胞外蛋白的识别.
• 工作流已成功缩小,用于高吞吐量分析.
• 在研究的蓝藻细菌中,EXCRETE确定了高达85%的可能分泌的蛋白质.
• 功能分析表明细胞外的维护和营养物质的获取作为中央分泌功能.

结论:

• 菌具有比以前认为的更广泛的秘密体.
• EXCRETE为全面的外蛋白质组表征提供了一个强大的工具.
• 保存的秘密功能在淡水,海洋和陆地蓝藻细菌中很明显.