控制猪免疫细胞基因表达的调控元素和转录因子的定义在单细胞分辨率使用单核ATAC-seqq
Pengxin Yang1, Ryan Corbett2, Lance Daharsh2
1Department of Animal Science, Iowa State University, Ames, IA, 50011, USA; Department of Biochemistry, Biophysics and Molecular Biology, Iowa State University, Ames, IA, 50011, USA.
Genomics
|September 26, 2024
概括
这项研究使用单核ATAC测序绘制了猪免疫细胞中的开放色素景观. 它揭示了控制基因表达的调节元素,并确定了参与细胞特异性基因调节的关键转录因子.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 猪外周血液单核细胞 (PBMC) 基因表达在单细胞分辨率上已知.
- 驱动这种基因表达的 cis 调节机制在很大程度上仍未被描述.
研究的目的:
- 描述猪PBMC的开放色素景观,以确定cis调节元素.
- 了解有助于猪PBMC基因转录的机制.
- 发现调节细胞类型特定基因表达的转录因子.
主要方法:
- 单核ATAC测序 (snATAC-seq) 用于绘制开放色素区域的地图.
- 基于染色体可访问性模式的聚类用于细胞类型注释.
- 转录因子结合动机 (TFBM) 分析和 cis-co-accessibility 网络 (CCAN) 被用来预测监管关系.
主要成果:
- snATAC-seq成功注释了细胞类型,与scRNA-seq数据具有很高的一致性.
- 与细胞类型标记基因表达相关的差异可访问的峰值 (DAP).
- TFBM分析确定了调节细胞类型特定基因表达的关键转录因子 (TF),预测与现有数据集基本一致.
结论:
- snATAC-seq为猪PBMCs的染色质可访问性景观提供了宝贵的见解.
- 这种方法可以发现通过与调节元件结合来调节差异表达基因 (DEGs) 的TF.
- 这项研究为了解猪免疫细胞中的基因调节建立了框架.
关键词:
范 (Faang) 是一个很好的球员.免疫细胞是免疫细胞.猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪猪监管网络 监管网络是指监管网络的组成部分.单核色素的可访问性 单核色素的可访问性一个核心的ATAC ATAC.在 scRNA-seq 和 snATAC-seq 集成过程中.更多相关视频
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