基于滴滴的功能CRISPR查细胞与细胞相互作用,由SPEAC-seq
Camilo Faust Akl1, Mathias Linnerbauer1, Zhaorong Li1
1Ann Romney Center for Neurologic Diseases, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School, Boston, MA, USA.
Nature protocols
|September 26, 2024
概括
我们开发了一种新的方法,SPEAC-seq,用于细胞相互作用调节者的高通量遗传查. 这种技术可以在各种生物环境中无偏见地发现控制细胞间通信的关键分子.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
- 神经科学是一个神经科学.
背景情况:
- 细胞与细胞的相互作用对于组织功能和调节至关重要.
- 研究细胞通信的传统方法是有限的,通常需要先前的知识和缺乏功能读取.
研究的目的:
- 引入一种新的高通量平台,用于对细胞相互作用调节者的无偏的基因查.
- 克服现有方法的局限性,以表征细胞-细胞通信.
主要方法:
- 封装关联细胞的系统性扰乱,其次是测序 (SPEAC-seq) 结合了全基因组的CRISPR库和微流体学.
- 细胞在滴滴中共同培养,根据光记者电路的功能读数进行排序.
- 在使用NF-κB激活报告器研究微质和星球细胞之间的神经炎症方面有明显的应用.
主要成果:
- 发现了成千上万个微质调节器的天体细胞NF-κB激活,对于中枢神经系统的炎症控制至关重要.
- 通过SPEAC-seq,可以对细胞间相互作用进行大规模的研究.
- 基因组范围的查可以在不到两周的时间内使用微流体检查.
结论:
- SPEAC-seq是一个多功能平台,用于无偏见地发现细胞相互作用调节剂.
- 该方法可以适应各种细胞类型,功能和生理学环境.
- 这项技术显著推进了细胞间通信的研究.
