基于LC-MS/MS与FBMN和De Novo测序集成的Lactobacillus reuteri中的类快速识别的深度挖掘策略
Yilang Zuo1, Shilin Gong1, Li Zhang1
1State Key Laboratory of Quality Research in Chinese Medicine, Macau Institute for Applied Research in Medicine and Health, Macau University of Science and Technology, Taipa, Macau 999078, China.
Metabolites
|September 27, 2024
概括
乳杆菌reuteri产生新的生物活性,包括循环二,使用先进的分子网络识别. 一些体通过与蛋白相互作用,表现出潜在的抗炎活性.
科学领域:
- 微生物学和生物化学
- 自然产品化学 自然产品化学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 乳杆菌reuteri是众所周知的益生菌和益生菌功能,但其生物活性和氨基酸衍生物是研究不足的.
- 由于大量数据集和蛋白质数据库覆盖范围有限,现有的鉴定方法面临挑战.
- 生物活性和氨基酸衍生物在其他乳酸菌种中普遍存在,这表明L. reuteri. 具有类似的潜力.
研究的目的:
- 为了进行由Lactobacillus reuteri生产的的快速和全面的分析.
- 在L. reuteri.中识别新的生物活性,特别是循环二 (CDP),以确定L. reuteri.
- 探索已识别的L. reuteri的潜在抗炎活性.
主要方法:
- 利用基于特征的分子网络 (FBMN) 结合全球天然产品社会分子网络 (GNPS) 平台进行鉴定.
- 采用 de novo 测序和深度挖掘策略,利用集群分组和离子特征来发现未知的化合物.
- 进行了分子对接,以评估已识别的和抗炎标蛋白之间的相互作用.
主要成果:
- 通过使用开发的策略,成功识别了192种化合物,包括184种.
- 在L. reuteri.中首次发现了53个循环二 (CDP),其中4个是新鲜的,在L. reuteri.中首次发现.
- 一个新的CDP,cyclo(5-OMe-Glu-4-OH-Pro),被分离和特征,确认了鉴定结果.
- 鉴定到的与七种抗炎蛋白具有显著的相互作用,这表明了潜在的治疗应用.
结论:
- 该研究提出了一种有效的战略,用于在微生物天然产品中快速识别和CDP.
- 揭示了L. reuteri中新型CDPs的存在,扩大了这种益生菌中已知的生物活性化合物库.
- 表明CDP中的非自然氨基酸可能有助于它们观察到的抗炎性质,为L. reuteri潜在的抗炎作用提供了基础.
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