简化简单序列重复数据挖掘方法和作物扫描管道

科学领域:

• 植物遗传学和育种.
• 基因组研究是基因组研究.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 在过去的50年里,DNA标记物发生了显著的进化,从基于杂交的技术到基于序列的技术.
• 简单序列重复 (SSR) 具有可取的特征,如可重复性,共主导性和位置特异性,使其成为植物育种的理想选择.
• 以前的研究往往忽略了SSR多态和演变,因为对染色体位置的数据有限.

研究的目的:

• 审查目前用于SSR标志物开发的方法.
• 突出基因组资源数据库和用于SSR数据挖掘和原始生成的计算工具.
• 作为研究人员在遗传研究和育种计划中选择SSR工具的综合指南.

主要方法:

• 利用下一代测序 (NGS) 技术来实现高通量SSR生成.
• 使用生物信息学方法和工具来识别基因组序列中的SSR.
• 开发用于植物育种中的基因定型应用的原料.

主要成果:

• 在各种植物物种中,NGS可实现快速,经济高效的SSR生产.
• 生物信息工具有助于有效的SSR识别和初始设计.
• 对于缺乏大量基因组资源的孤儿作物来说,SSR仍然至关重要.

结论:

• 在现代植物育种中,SSR标记是不可或缺的工具,特别是用于遗传多样性和特征分析.
• NGS和生物信息学的整合彻底改变了SSR标记器的开发和应用.
• 本综述为优化农作物改良计划中SSR利用提供了一个综合的资源.