意大利对下一代测序的不同HIV-1耐药性解释工具的比较
Daniele Armenia1, Luca Carioti2, Valeria Micheli3
1Departmental Faculty, UniCamillus, Saint Camillus International University of Health Sciences, 00131 Rome, Italy.
Viruses
|September 28, 2024
概括
用于HIV耐药性测试的下一代测序 (NGS) 显示了解释工具之间的可变一致性. 较低的病毒载荷和非B亚型影响测试有效性,在平台上只可靠地检测到高频突变.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 下一代测序 (NGS) 越来越多地被用于HIV基因型耐药性测试 (GRT),可能取代桑格测序.
- 评估不同NGS-GRT解释工具的一致性对于临床实施至关重要.
研究的目的:
- 在现实环境中评估NGS-GRT三种不同的解释工具的一致性.
- 确定影响NGS-GRT结果有效性和可靠性的因素.
主要方法:
- 分析了使用AD4SEQ HIV-1 Solution v2套件的11个意大利实验室的常规NGS-GRT数据.
- 使用SmartVir,HyDRA Web和斯坦福HIVdb进行了NGS结果的解释.
- 有效性标准包括在阻力相关位置的覆盖率>100读数.
主要成果:
- 在不同的工具中,有效率有所不同:SmartVir (75.2%),HyDRA Web (74.2%) 和HIVdb (70.9%).
- 在考虑至少两种工具时,在73.6%的样本中实现了对抗性分析的总体有效覆盖率.
- 病毒血量低于10,000-1000副本/毫升和非B型HIV亚型显著影响了样本有效性.
- 在NGS频率>10%检测到的突变在解释工具中显示出相当的一致性.
结论:
- 病毒病和HIV亚型是影响NGS-GRT在日常环境中的覆盖率的关键因素.
- 目前,在不同的NGS-GRT解释平台上,似乎只能可靠地检测出频率>10%的突变.
