自动化基于多个数据源的COVID-19流行病学情况报告,荷兰,2020年至2023年

科学领域:

• 公共卫生 公共卫生
• 流行病学 流行病学
• 医疗信息学 医疗信息学

背景情况:

• 由于COVID-19大流行,需要快速有效地制作流行病学情况报告 (epi-sitrep).
• 荷兰国家公共卫生和环境研究所开发了数据导入,总结和通信自动化 (A-DISC) 管道,以满足这一需求.
• 该A-DISC管道旨在自动化和简化创建这些关键的公共卫生报告.

研究的目的:

• 描述用于自动化episiterp生产的A-DISC管道.
• 为其他国家提供可定制的R脚本模板,以适应其传染病监测.
• 突出自动化数据处理在公共卫生中的实用性.

主要方法:

• 该A-DISC管道是使用开源统计软件R.DISC开发的.
• 它包括四个模块:准备,处理数据,制作报告和沟通.
• 这些模块中的脚本处理数据导入,验证,转换,总结,报告生成 (RMarkdown) 和通过电子邮件与利益相关者沟通.

主要成果:

• A-DISC管道成功地将多达十个数据源的总结自动化成表格和图表.
• 这些自动化摘要被整合到常规的COVID-19epi-sitreps中,作为开放数据共享,并用于公开显示和国际报告 (例如,ECDC).
• 该系统在高发病期提供了必要的频繁和全面的报告.

结论:

• 在COVID-19大流行期间,A-DISC管道证明是生产及时和全面的epi-sitreps的关键.
• 它的模块化设计促进了多种数据源的整合,加强了协作,并改进了数据谱系.
• A-DISC是一种开源的,强大的,可定制的工具,用于自动化epi-sitreps,目前正在适应RIVM的其他疾病监测流程,并获得了积极的接待.