从比较基因组分析推断出的Campylobacter fetus亚种特定的PCR测定,以准确识别亚种
Linda van der Graaf-van Bloois1, Aldert L Zomer1, Birgitta Duim1
1Department of Biomolecular Health Sciences, Faculty of Veterinary Medicine, Utrecht University, the Netherlands; WHO Collaborating Centre on Campylobacter and Antimicrobial Resistance from a One Health Perspective / WOAH Reference Laboratory for Campylobacteriosis, Utrecht, the Netherlands.
准确区分Campylobacter胎儿亚种对于控制牛生殖器Campylobacteriosis至关重要. 一种针对ASD基因的新PCR测定有效地区分了C. fetus亚种. 胎儿和C.胎儿亚种. 威尼里亚尔斯. 威尼里亚尔斯.
科学领域:
- 兽医微生物学 兽医微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子诊断学 分子诊断
背景情况:
- 牛生殖菌病 (BGC) 是一种由Campylobacter胎儿引起的重大动物疾病.
- 在Campylobacter fetus亚种之间进行准确的区分. 乙虫 (Cfv) 和坎皮洛巴克特胎儿亚种. 胎儿 (Cff) 对于有效的BCC控制至关重要.
- 现有的分子和生物化学方法用于亚种识别缺乏足够的灵敏度和特异性.
研究的目的:
- 开发一种可靠的分子测定方法来区分Cff和Cfv.
- 确定特定的遗传标记,以区分两种C. fetus亚种.
主要方法:
- 41个C.胎儿菌株的基因组测序.
- 使用大规模BLAST分数比率 (LS-BSR) 管道进行分析,以确定分种特定的序列.
- 开发和验证针对已识别的asd基因标记物的PCR试验.
主要成果:
- 在Cff菌株中鉴定出特定于asd基因的6-bp序列,在Cfv菌株中不存在.
- 开发的asd PCR试验与C. fetus亚种识别的基因组分类完全一致.
- 开发了一个网络接口 (Cfvcatch工具) 用于对测序基因组进行PCR测定,并检测抗菌素耐药性基因.
结论:
- 阿斯德PCR试验提供了一种敏感和特定的方法来区分Cff和Cfv.
- 这种测试是推用于在BCC控制计划中对C. fetus亚种的分子鉴定.
- 该Cfvcatch工具有助于分种识别和检测C.胎儿基因组中的抗菌素耐药性基因.
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