OrgaMapper:一个强大的,易于使用的工作流程,用于分析有机体定位
Christopher Schmied1,2, Michael Ebner3, Paula Samsó3
1Leibniz-Forschungsinstitut Für Molekulare Pharmakologie (FMP), Robert-Roessle-Straße 10, Berlin, 13125, Germany. schmied@fmp-berlin.de.
BMC biology
|September 29, 2024
概括
我们开发了OrgaMapper,这是一个自动化的图像分析工作流程,用于精确测量真核细胞中器官的位置. 这种工具克服了常见的挑战,使得能够发现调节有机体局部化的新分子组件.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 显微镜的使用方法
- 图像分析 图像分析
背景情况:
- 细胞利用有机体进行特定的功能,其精确的定位对于细胞过程至关重要.
- 器官细胞的定位对于功能至关重要,如在 lysosomes 和核中所见,并且变化与疾病有关.
- 了解有机体定位的分子机制是有限的,部分原因是准确测量定位表型的挑战.
研究的目的:
- 开发和呈现一个强大的,定量和用户友好的图像分析工作流程,以评估器官位置.
- 提供有助于识别调节有机体定位的分子成分的工具.
主要方法:
- 开发了一个斐济插件和一个R Shiny App用于自动图像分析.
- 工作流包括细胞,细胞核和器官的细分;细胞大小和器官-细胞核距离的测量;强度测量;和辐射谱分析.
- 使用模拟数据和免疫光学图像验证了扰乱的溶酶体定位.
主要成果:
- 该工作流准确而可靠地测量器官定位表型.
- 它能够抵御常见的混因素,如细胞/有机体大小和背景强度的变化.
- 在分析影响 lysosome 定位的已知因素方面已证明有用.
结论:
- OrgaMapper是一个多功能,强大,易于使用的自动化工作流程,用于基于显微镜的研究.
- 它使细胞内空间的定量绘制和发现新型有机体定位调节器成为可能.


