在哥伦比亚,登革热1型和2型基因型的密码传播和新型引入

科学领域:

• 病毒学 病毒学
• 基因组流行病学 基因组流行病学
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 登革热病毒 (DENV) 是哥伦比亚的主要公共卫生问题,流行病发生周期性,受到气象事件的影响.
• 现有的基因组监测系统在有效追踪DENV传播模式方面面临挑战.
• 哥伦比亚的登革热异质发病率需要进行本地研究,以了解传播动态.

研究的目的:

• 评估哥伦比亚四个省份不同发病率的当地DENV传播和遗传多样性.
• 为了确定在哥伦比亚流通的DENV血清型和基因型.
• 调查该地区DENV菌株的起源和进化史.

主要方法:

• 处理266个血清样本以检测DENV.
• 从134名感染患者中对DENV的全基因组测序,产生了118个完整的基因组序列.
• 遗传学分析和时间至最近共同祖先 (TMRCA) 分析以推断传播模式和起源.

主要成果:

• DENV-2是主要的血清型 (108/143),亚裔美国人 (AA) 基因型是最普遍的 (91/118).
• 遗传学分析发现了DENV-2 AA和DENV-1 V的两个并发系,表明与委内瑞拉和古巴的遗传交换.
• TMRCA分析显示,哥伦比亚自大约2015年以来,在最近的流行病之前,在哥伦比亚发生了神秘的DENV-2 AA传播.

结论:

• 隐秘传播,而不是仅仅是最近的引入,可以推动大规模登革热爆发,强调持续基因组监测的重要性.
• 对比DENV-1 V和DENV-2 AA的选择压力可能会影响它们的传播能力,DENV-2 AA显示了积极的选择.
• 基因组流行病学对于早期检测和了解DENV基因型至关重要,它支持高级测序作为疫情预防的早期预警系统.