PerturbAtlas:公众基因扰乱大量RNA-seq数据集的全面地图
Yiming Zhang1,2, Ting Zhang1, Gaoxia Yang1
1Department of Neurosurgery and State Key Laboratory of Biotherapy and Cancer Center, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu, Sichuan 610041, China.
Nucleic acids research
|October 1, 2024
概括
PerturbAtlas标准化了基因扰乱研究中的基因表达数据,增强了RNA测序 (RNA-seq) 库的重复使用. 该资源提供了对多种物种基因表达和拼接变化的定量见解.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 基因表达操纵是理解基因功能的关键.
- 高通量测序,就像RNA-seq一样,揭示了下游的机制.
- 对小规模扰动表达式数据集缺乏标准化元数据限制了数据的重用.
研究的目的:
- 开发PerturbAtlas,这是一个用于从遗传扰乱实验中重新分析公共RNA-seq库的资源.
- 提供基因表达,转录档案和替代拼接事件的定量数据.
- 为了方便识别基因和异形水平变化的趋势在扰动后.
主要方法:
- 重新分析了13个物种的122,801个精选的RNA测序库.
- 发展PerturbAtlas作为一种增值资源.
- 以原始表形式提供数据,并提供具有搜索功能 (物种,组织,基因组特征) 的交互式浏览器.
主要成果:
- PerturbAtlas提供了关于基因表达,转录档案和替代拼接的定量数据.
- 该资源可以通过前进和反向方法探索扰动后果.
- 用户可以识别潜在的因果干扰,并探索基因和异形水平的变化.
结论:
- PerturbAtlas解决了在扰动表达式数据集中对标准化元数据的需求.
- 该资源增强了公共RNA-seq数据的可访问性和可重复使用性.
- PerturbAtlas有助于探索基因表达和在遗传干扰后的剪接变化.
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