数字滴滴PCR的优化和应用,用于检测SARS-CoV-2在唾液样本中,使用商用套件
Maria M M Kaisar1,2, Helen Kristin2, Fajar A Wijaya3
1Master in Biomedicine Study Program, School of Medicine and Health Sciences, Atma Jaya Catholic University of Indonesia, Jakarta, 14440, Indonesia.
Biology methods & protocols
|October 2, 2024
概括
优化逆转录数字滴滴聚合酶链反应 (RT-ddPCR) 在唾液中提供了敏感的SARS-CoV-2检测. 这种方法提供了准确的量化,对于持续的流行病监测和管理感染风险至关重要.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 病毒学 病毒学
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 由于COVID-19大流行,需要敏感的SARS-CoV-2检测,特别是在弱势群体中.
- 现有的方法需要改进,以提高唾液样本的灵敏度和特异性.
研究的目的:
- 为了优化逆转录数字滴滴聚合酶链反应 (RT-ddPCR) 在唾液中检测SARS-CoV-2.
- 为了评估优化的RT-ddPCR与RT-qPCR作为参考的性能.
主要方法:
- 优化RT-ddPCR反应组件和回火温度 (57.6°C).
- 使用40个储存的唾液样本进行验证,并与RT-qPCR进行比较.
- 评估原料/探头度对滴滴分离和副本数量的影响.
主要成果:
- 优化的RT-ddPCR显示出高灵敏度 (N基因为100%,E基因为93.3%) 和特异性 (80.8%91.3%).
- 对于N和E基因 (r2=0.98和0.85) 的Ct值和拷贝数度之间发现了逆相关性.
- ORF1ab基因的相关性很差 (r2=0.34).
结论:
- 优化RT-ddPCR是一种敏感和特定的方法,用于在唾液中检测SARS-CoV-2.
- 这种平台修改显示了在唾液样本中检测其他病原体的潜力.
