内和便微生物群揭示了与胃癌发生相关的微生物标志物

科学领域:

• 微生物组研究的研究.
• 胃癌 (GC) 的发病因子
• 超基因组学分析

背景情况:

• 胃肠道微生物群失调与胃癌 (GC) 有关,但变化不同,阻碍生物标志物的发展.
• 对于早期GC检测的可复制的诊断生物标志物在不同种群中缺乏.
• 这一元分析旨在描述胃癌发生过程中的胃肠道微生物群落.

研究的目的:

• 描述与胃癌发生相关的胃肠道微生物群落.
• 为了识别潜在的微生物生物标志物,用于早期检测胃癌.
• 为了研究非Helicobacter pylori (HP) 杂交体在GC中的作用.

主要方法:

• 在11项研究中对16SrRNA测序数据的元分析,来自1642例胃活检和394例便样本.
• 使用VSEARCH,QIIME,R包 (素食,phyloseq,cooccur) 和随机森林进行数据处理和分析.
• 使用PICRUSt用于功能预测和LEfSe用于识别GC相关的种类.

主要成果:

• 在GC患者和非癌症对照者之间观察到内微生物群多样性的显著差异.
• 网络分析显示,与富含GC和缺乏GC的细菌的相关性发生了变化.
• 功能分析表明,GC中的丰富的碳水化合物代谢途径和减少的不和脂肪酸生物合成.
• 一个使用乳杆菌和链球菌的随机森林模型在便样本 (AUC=0.7949) 中从健康个体中区分了GC,该样本在独立队列中得到验证 (AUC=0.7712).

结论:

• 在GC患者中确定了乳杆菌,链球菌,红菌,菌,和Phascolarctobacterium作为共同差异性的细菌.
• 证实了将乳酸菌和菌株结合为GC特异性微生物标记物的有效性.
• 这些发现表明使用便微生物标记物的早期,非侵入性GC诊断的潜力.