这种细菌是Chromobacterium indicum sp. 的原型. nov.,一种从土壤中分离出来的颜料生产细菌

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 细菌学 细菌学是一门学科.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 克罗莫细菌 (Chromobacterium) 属包括已知生产紫色素的氏阴性细菌.
• 准确的分类学分类对于理解微生物多样性和功能至关重要.

研究的目的:

• 从茶园土壤样本中分离出一种新的紫色染色体细菌的特征.
• 通过多相性表征,包括基因组和表型分析来确定分离物的分类学状态.

主要方法:

• 细菌菌株TRC1.1.SA^T的分离和培养.
• 格拉姆染色,运动性测试,以及氧化酶和催化酶活动的评估.
• 16S rRNA基因测序和全基因组测序用于遗传学分析.
• 基因组相关性的平均核酸标识 (ANI) 和数字DNA-DNA杂交 (dDDH).
• 对极性脂质和脂肪酸概况的分析.
• 使用RAST和antiSMASH识别生物合成基因集群 (BGCs).

主要成果:

• 菌株TRC1.1.SA^T是一种在pH值5.0-9.0和15-37°C之间以有氧方式生长的,具有格兰氏阴性,棒状的,有机细菌.
• 16S rRNA基因序列分析显示与Chromobacterium piscinae,C. vaccinii和C. violaceum有很高的相似性.
• 基因组分析 (ANI <96%和dDDH <63.4%) 表明与已知的Chromobacterium物种有显著差异.
• 该基因组含有用于紫色素生产的BGC.
• 主要的极性脂质包括酸乙醇胺,二酸甘油和酸;主要的脂肪酸是C_16:0,C_16:1ω7c,C_17:0循环,和C_18:1ω7c.

结论:

• 菌株TRC1.1.SA^T代表了基于独特的基因组和表型特征的Chromobacterium属内的新物种.
• 这种新物种的拟议名称是Chromobacterium indicum.
• 这种类型菌株被指定为TRC1.1.SA^T (MTCC 13391^T; JCM 36723^T; KCTC 8324^T).