大规模应用ClinGen-InSiGHT APC特定的ACMG/AMP变种分类标准导致VUS的大幅减少
Xiaoyu Yin1, Marcy Richardson2, Andreas Laner3
1Department of Colorectal Medicine and Genetics, Royal Melbourne Hospital, Parkville, VIC, Australia; Department of Medicine, University of Melbourne, Parkville, VIC, Australia; Institute of Human Genetics, Medical Faculty, University of Bonn, Bonn, Germany.
American journal of human genetics
|October 2, 2024
概括
将APC基因变异分类的新标准显著减少了不确定的意义变异 (VUS) 的数量. 这一进步改善了家族性腺多重症,一种遗传性胃肠多重症综合征的遗传检测.
科学领域:
- 遗传学 遗传学 是一个
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 致病性宪法APC变体是家族腺瘤多重症的主要原因,这是一个常见的遗传性胃肠多重症综合征.
- 将遗传变异分类,特别是具有不确定的意义的变异 (VUSs),在临床遗传学中提出了解释性挑战.
- 现有的分类标准需要对APC等特定基因进行细化,以提高诊断准确度.
研究的目的:
- 开发和实施APC特定变异分类标准,以改善APC基因变异的解释.
- 减少公共数据库中VUS的数量,从而提高对遗传性结直肠癌/多重症综合征的临床实用性.
- 建立适用于其他基因和疾病的变异分类的系统方法.
主要方法:
- 由ClinGen-InSiGHT遗传性结直肠癌/多重症变异治疗专家小组 (VCEP) 开发APC特异性变异分类标准.
- 使用这些标准应用简化的算法,从ClinVar和InSiGHT APC Leiden开放变异数据库 (LOVD) 分类超过10,000个独特的APC变体.
- 利用数据挖掘技术重新分类有希望的VUS,并提供对病原性的支持证据.
主要成果:
- 应用APC特定标准维持了94-96%的 (可能) 良性或 (可能) 致病变体的分类.
- 观察到VUS的显著减少,其中41%-61%被重新分类,VUS总数减少了37%.
- 数据挖掘成功地将65% (24/37) 的有希望的VUS重新归类为 (可能) 致病性,增加了诊断产量.
结论:
- 在ClinVar和LOVD中,APC特定的标准大大降低了VUS,改善了家族性腺瘤多重症的变异分类.
- 这项研究表明,在大型遗传数据集中,可用于系统变异解释的可行和可通用的模型.
- 优先的VUS现在公开用于临床使用,促进知情的遗传咨询和患者管理.


