RDBSB:具有实验证据的催化生物零件数据库
Wan Liu1, Pingping Wang2, Xinhao Zhuang1
1National Genomics Data Center & Bio-Med Big Data Center, CAS Key Laboratory of Computational Biology, Shanghai Institute of Nutrition and Health, University of Chinese Academy of Sciences, Chinese Academy of Sciences, 320 Yueyang Road, Shanghai 200031, China.
Nucleic acids research
|October 3, 2024
概括
合成生物学研究人员现在可以访问合成生物学生物零件的注册和数据库 (RDBSB),这是一个超过83,000种催化生物零件的新资源. 该数据库集中了关键的功能信息,有助于设计代谢途径和细胞工厂.
科学领域:
- 合成生物学 合成生物学
- 代谢工程是代谢工程.
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 催化生物零件对于设计生物系统和代谢途径至关重要.
- 关于生物零件功能的分散信息阻碍了底盘和细胞工厂的有效设计.
- 需要一个集中,全面的资源来简化合成生物学研究.
研究的目的:
- 开发一个全面的注册和数据库,用于合成生物学的催化生物零件.
- 将分散的功能特征信息整合到一个单一的,可访问的平台上.
- 促进生物系统和代谢途径的设计和优化.
主要方法:
- 策划了83,193个具有实验证据的催化生物零件的综合资源.
- 收集详细的定性和定量催化信息,包括活动,基板,最佳pH和温度以及底盘特异性.
- 开发了一个具有搜索,可视化和分析工具的交互平台,包括生物零件寻找器,结构预测和路径设计实用程序.
- 实施了一个社区提交系统,用于数据共享和利用.
主要成果:
- RDBSB现在包含83,193个精选的催化生物零件,具有广泛的功能数据.
- 该平台提供详细的催化参数和先进的分析工具.
- 超过1000种催化生物零件已经由社区贡献.
- 在https://www.biosino.org/rdbsb/. RDBSB可以免费使用.
结论:
- RDBSB显著增加了合成生物学路径设计的资源.
- 该数据库是代谢工程和生物技术研究人员的重要工具.
- 在RDBSB中集中数据和先进的工具将加速新生物系统和细胞工厂的发展.
