CIEC:跨组织免疫细胞类型丰富和表达地图可视化用于癌症

科学领域:

• 免疫学 免疫学 免疫学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 单细胞转录组测序揭示了免疫细胞在癌症免疫中的功能.
• 了解整个组织的免疫细胞异质性对于癌症研究至关重要.

研究的目的:

• 介绍跨组织免疫细胞类型或状态癌症基因列表的丰富分析 (CIEC),一个基于网络的应用程序.
• 为分析多种癌症相关组织的免疫细胞特征提供全面的资源.

主要方法:

• 综合分析了来自323名癌症患者的480个样本,涵盖了各种组织类型.
• 利用基因和基因组的京都百科全书 (KEGG) 基于正义的注释系统 (KOBAS) 算法进行丰富分析.
• 开发了一个用户友好的在线界面用于数据探索.

主要成果:

• 为不同的癌症环境构建了免疫细胞类型/状态地图.
• 启用了对特定环境的免疫细胞类型/状态的丰富度估计.
• 提供表达式映射,相关性分析和签名评分的工具.

结论:

• CIEC是探索癌症患者内在免疫细胞特征的宝贵资源.
• 该工具有可能指导新型癌症免疫生物标志物和免疫治疗策略的开发.
• CIEC是全球研究人员在线免费访问的.