在非目标代谢数据中检测反向稳定同位素标记
Tashi C E Liebergesell1, Ethan G Murdock1, Aaron W Puri1
1Department of Chemistry and the Henry Eyring Center for Cell and Genome Science, University of Utah, Salt Lake City, Utah 84112, United States.
Analytical chemistry
|October 5, 2024
概括
逆稳定同位素标记 (InverSIL) 现在有一个自动化工作流程,用于识别在非目标代谢数据中的前体结合. 这种方法有助于发现新的天然产品和了解代谢途径.
科学领域:
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 自然产品的发现自然产品的发现
- 生物合成途径解化
背景情况:
- 稳定的同位素标签对于追踪代谢物来源和识别天然产品至关重要.
- 逆稳定同位素标记 (InverSIL) 在没有标记的前体时提供了一个替代方案.
- 目前的InverSIL方法缺乏用于识别在非目标代谢数据中的前体结合的自动化.
研究的目的:
- 开发一个强大的,自动化的工作流程,用于识别在非目标代谢数据中的反向标签.
- 使用InverSIL.克服识别未知的天然产品和多种前体的局限性.
- 简化InverSIL在天然产品和新陈代谢研究中的应用.
主要方法:
- 开发一种新的计算工作流程,用于自动识别反向标签模式.
- 将工作流应用于从食特定前体的生物体中获取的非目标代谢数据.
- 使用质谱测量来追踪同位素标记的前体和自然丰富的代谢物.
主要成果:
- 成功识别了包含帕拉氨基酸和不同部分l-氨酸的代谢物.
- 发现了C1转移共酶dephosphotetrahydromethanopterin中特定甲基的生物合成起源.
- 证明了工作流能够在同一样本中识别多个前体的结合.
结论:
- 开发的自动化工作流程显著提高了InverSIL在代谢学研究中的实用性.
- 这种方法有助于发现新型天然产品和阐明复杂的生物合成途径.
- 该方法为研究微生物新陈代谢和天然产品生物合成的研究人员提供了强大的工具.
