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Updated: Jun 12, 2025
10:10
Author Spotlight: Cistrome Analysis in Mouse Muscle Stem Cells
Published on: July 7, 2023
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来自超低通量全基因组测序的无血细胞DNA片段末端动机分析的协议
Darren Liu1, Lamis Yehia2, Andrew Dhawan3
1Genomic Medicine Institute, Lerner Research Institute, Cleveland Clinic, Cleveland, OH 44195, USA; Cleveland Clinic Lerner College of Medicine of Case Western Reserve University, Cleveland, OH 44195, USA; Department of Internal Medicine, Cleveland Clinic, Cleveland, OH 44195, USA.
STAR protocols
|October 5, 2024
概括
从低通量全基因组测序数据中分析循环无细胞DNA (cfDNA) 片段末端动机,为精密瘤学提供了一个有前途的生物标志物. 本协议详细介绍了用于增强癌症诊断的cfDNA动机的处理和分析方法.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 循环无细胞DNA (cfDNA) 片段末端图案配置文件显示出在精密瘤学中作为生物标志物的潜力.
- 分析这些图案可以提供有关癌症的生物学过程的见解.
研究的目的:
- 提出一种用于分析血cfDNA片段末端图案的标准化方案.
- 为了能够使用超低通全基因组测序 (WGS) 数据进行基因分析.
主要方法:
- 使用bash脚本处理对齐后BAM文件的生物信息学管道的开发.
- 使用R. 实现下游分析和可视化4-mer和其他n-mercfDNA末端动机使用R.
- 使用超低通量全基因组测序 (WGS) 数据进行cfDNA基因组特征分析.
主要成果:
- 从WGS数据中分析cfDNA片段末端动机的详细协议已建立.
- 该协议有助于提取和解释cfDNA基因图案配置文件.
- 演示分析各种n-mer图案,包括4-mers.
结论:
- 本协议提供了一种可复制的cfDNA基因分析方法.
- 这种方法增强了cfDNA作为精密瘤学的生物标记物的实用性.
- 该协议支持非侵入性癌症检测和监测的进步.
