快速的表型和基因型变化在一个实验室的分裂体群体
Kathrin S Jutzeler1, Roy N Platt1, Xue Li1
1Texas Biomedical Research Institute.
Research square
|October 7, 2024
概括
通过基因组分析检测出了体寄生虫的实验室污染,导致了快速的表型变化. 这凸显了监测寄生虫身份的重要性,以防止研究错误.
科学领域:
- 寄生虫学的寄生虫学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 实验室维护的微生物,包括体,容易受到污染.
- 巴西的Schistosoma mansoni (SmBRE) 种群表现出明显的表型,具有较差的传染性和较低的毒性.
- 2021年观察到SmBRE表型的快速转变,包括虫产量增加和虫负担增加.
研究的目的:
- 调查SmBRE分裂体种群中观察到的表型变化的基因组基础.
- 为了确定SmBRE寄生虫系中实验室污染的时间和程度.
主要方法:
- 在8年的时间里 (2015-2023年) 进行了SmBRE和对照寄生虫群体 (SmLE) 的全基因组测序.
- 分析SmBRE和SmLE的等位基频率变化,以检测污染事件.
- 基因组数据与表型观测的比较.
主要成果:
- 在对照SmLE群体中观察到稳定的等位基因频率.
- 2021年至2023年间,SmBRE中发生了突然和广泛的等位基因频率变化,表明污染.
- 检测到强有力的选择 (s=~0.23) 驱动了SmBRE等位基因被污染物 (SmLE) 等位基因所取代的证据,除了4号染色体上的特定区域.
结论:
- 独特的表型有助于检测污染,但类似的寄生虫可能会被忽视.
- 聚合样本的分子分析提供了一种监测人口变化和检测污染的方法.
- 遗传漂移导致寄生虫种群的持续分歧,即使没有污染.
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