探索尼克洛萨米德作为针对SARS-CoV-2的多目标药物:对宿主和病毒蛋白质的分子动力学模拟研究
Prachi Jagtap1, Virendra Kumar Meena2, Susmit Sambhare2
1Bioinformatics & Data Management Group, ICMR National Institute of Virology, 20A Dr. Ambedkar Road, Pune, Maharashtra, 411 001, India.
Molecular biotechnology
|October 7, 2024
概括
尼克洛萨米德通过抑制宿主TMEM16F和病毒蛋白酶,显示出作为SARS-CoV-2重用药物的潜力. 分子模拟揭示了稳定的结合相互作用,支持其针对COVID-19的多目标治疗方法.
科学领域:
- 生物化学 生化学
- 病毒学 病毒学
- 药物重用 药物重用
背景情况:
- 严重急性呼吸道综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 感染构成了全球卫生挑战.
- 现有药物尼克洛萨米德正在接受针对SARS-CoV-2的重新用途的研究.
- 宿主因子如跨膜蛋白16F (hTMEM16F) 和病毒蛋白酶 (PLpro,Mpro) 在SARS-CoV-2病变发生过程中至关重要.
研究的目的:
- 阐明尼克洛萨米德与SARS-CoV-2点的精确分子相互作用.
- 研究尼克洛萨米德对宿主hTMEM16F和病毒蛋白酶 (PLpro,Mpro) 的抑制作用.
- 提供支持尼克洛萨米德作为SARS-CoV-2多向治疗剂的in silico证据.
主要方法:
- 对hTMEM16F的同质建模.
- 分子对接和400 ns分子动力学 (MD) 模拟.
- 对与hTMEM16F,SARS-CoV-2 PLpro和Mpro. 的结合相互作用的分析.
主要成果:
- 尼克洛萨米德证明与hTMEM16F.的细胞外出门结合稳定.
- 在尼克洛萨米德和hTMEM16F残留物之间确定了关键相互作用 (Gln350,Phe481,Lys573,Glu594,Asp596).
- 尼克洛萨米德与SARS-CoV-2 PLpro (Tyr268) 的活性部位有效相互作用,显示出比控制抑制剂更大的稳定性.
结论:
- 在的发现支持尼克洛萨米德对抗SARS-CoV-2的多目标机制.
- 尼克洛萨米德抑制了宿主 (hTMEM16F) 和病毒 (PLpro) 目标,这对病毒传播和复制至关重要.
- 这些结果支持进一步调查尼克洛萨米德作为COVID-19的潜在治疗剂.


