在原始细胞和组织中使用PerturbView的多重化,基于图像的聚合屏幕.

科学领域:

• 细胞生物学 细胞生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物技术是生物技术.

背景情况:

• 光学聚合查 (OPS) 将基于图像的表型与细胞干扰联系起来.
• 目前的OPS方法仅限于癌细胞系中的低复合读数,这是由于现场测序的挑战.

研究的目的:

• 开发一种增强的OPS技术 (PerturbView),用于高度多重化的表型读取.
• 将OPS的应用扩展到包括初级细胞和组织在内的多种生物系统.
• 启用现场屏幕,将光学和转录基因表型结合起来.

主要方法:

• PerturbView使用体外转录来放大在现场测序之前的条形码.
• 在诱导多能干细胞衍生神经元,原发性免疫细胞和动物瘤组织部分中展示了PerturbView.
• 在老鼠异种移植模型中结合PerturbView与空间转录学.

主要成果:

• PerturbView 能够在各种系统中实现高度多重的表型读取.
• 在初级巨细胞中进行的检测发现了NF-κB信号传递的新型调节者.
• 与空间转录学相结合,可以在现场获得丰富的光学和转录学现象.

结论:

• PerturbView显著提升了OPS对复杂生物系统的能力.
• 该技术扩大了OPS的范围,用于各种研究模型和应用.
• PerturbView可以在现场使用光学和转录数据的组合屏幕.