优化DNA提取协议以改善基于纳米孔测序的细菌和真菌分类
May Soe Thu1,2,3, Vorthon Sawaswong4, Prangwalai Chanchaem5
1Joint Chulalongkorn University-University of Liverpool Doctoral Program in Biomedical Sciences and Biotechnology, Faculty of Medicine, Chulalongkorn University, Bangkok 10330, Thailand.
Access microbiology
|October 8, 2024
概括
优化纳米孔测序用于微生物组分析,这项研究发现,ZymoBIOMICS溶解缓冲器 (ML) 单独优于细菌和真菌分析的珠子敲击方法,确保更高的分类分辨率和可靠性.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 核糖体RNA基因扩增序列测序是微生物组分析的标准.
- 纳米孔测序提供了增强的物种级别分类潜力.
- 对于细菌和真菌标记基因向,需要优化协议.
研究的目的:
- 开发和评估使用纳米孔测序来改善分类学分辨率的提取和全长片PCR方法.
- 为了比较不同溶解条件对细菌和真菌微生物组概况的有效性.
主要方法:
- 在一个模拟的微生物群体上测试了三个溶解条件:ZymoBIOMICS溶解缓冲器 (ML) 单独,ML与珠子敲击 (MLB),ML与珠子敲击加上酶处理 (MLBE).
- 使用纳米孔测序进行了细菌和真菌分析.
- 使用Bray-Curtis度量的主要坐标分析被用来评估微生物特征的差异.
主要成果:
- 与ML和MLBE相比,MLB导致了比ML和MLBE更多的统计学上不同的细菌类和属.
- MLB显著改变了真菌特征,增加了Ascomycota和减少了Basidiomycota,无法检测某些物种.
- 在不同组的细菌 (P=0.033) 和真菌 (P=0.012) 个人资料中观察到显著的差异,表明了治疗前偏差.
结论:
- 对于细菌和真菌分析,ML和MLBE显示了类似的结果,这表明对整个基因安普利康序列管道不建议使用珠子击败.
- 单独的ML已经成为最佳方法,平衡DNA产量,分类学分类,成本和时间.
- 这项研究为同时进行人类细菌和真菌微生物组分析提供了概念验证.
