基于途径的相似度测量以量化转录组学人类组织与临床前模型之间的相似性

科学领域:

• 生物技术和生物医学工程 生物技术和生物医学工程
• 翻译医学是一种翻译医学.
• 基因组学和转录基因组学

背景情况:

• 临床前研究的临床翻译面临着由于物种差异和异质性而面临的挑战.
• 微生理系统 (MPS) 提供了人类生理学的改进回顾,但缺乏定量相似性评估.
• 需要方法来评估临床前模型对特定使用环境 (CoU) 的相关性.

研究的目的:

• 开发和验证一种定量方法,即基于途径的相似度测量 (PBSM),用于评估临床前模型与人类系统的相似性.
• 利用RNA测序 (RNA-seq) 数据和途径信息来评估药物开发模型中的人类相关性.
• 证明PBSM在选择和验证特定CoU的临床前模型中的实用性.

主要方法:

• 开发基于路径的相似度测量 (PBSM),将RNA-seq数据与路径信息集成在一起.
• 应用PBSM来评估临床前模型和人体组织 (肝脏和心脏) 之间的转录组相似性.
• 评估PBSM支持CoU选择,分析基因组影响和区分模型类型的能力.

主要成果:

• PBSM提供了一种定量方法,用于比较临床前模型和人体组织之间的转录学相似性.
• 对肝脏和心脏组织进行了概念验证,使得模型选择和验证得到了改进.
• PBSM成功支持CoU选择,评估基因组的影响,并区分体外和体内模型.

结论:

• 通过定量评估临床前模型与人类系统的相似性,PBSM显著减少了药物开发中的翻译差距.
• 促进了知情的模型选择,并增强了对临床前模型特定环境应用的理解.
• 为改善体外模型的生理相关性和推进治疗干预提供了基础.