Seq2scFv:是一个工具包,用于全面分析长读序列平台的显示库
Marianne Bachmann Salvy1, Luca Santuari1, Emanuel Schmid-Siegert1
1NGS-AI Division, JSR Life Sciences, Epalinges, Switzerland.
mAbs
|October 8, 2024
概括
Seq2scFv是一个新的工具包,用于分析显示库中单链变量片段 (scFvs) 的抗体变量域. 它有助于识别和表征抗体序列,加速发现高亲和度生物疗法.
科学领域:
- 生物技术和制药科学 生物技术和制药科学
- 计算生物学和生物信息学
- 免疫学和分子生物学
背景情况:
- 抗体是领先的生物治疗药物,但传统的发现方法耗时且资源密集.
- 高通量测序和计算方法通过探索更广泛的抗体空间来推进抗体发现.
- 从体外显示库中单链变量片段 (scFvs) 的全长测序是一个关键的进步,但缺乏用于注释配对重链和轻链变量域 (VH和VL) 的工具.
研究的目的:
- 推出Seq2scFv,这是一个新的开源工具包,用于使用长时间读取的测序数据分析体外显示库.
- 解决从全长scFv序列中注释配对VH和VL域的方法缺口.
- 为了促进抗体显示库的高效表征,并加快识别高亲和力抗体候选人的速度.
主要方法:
- 开发Seq2scFv,这是一个开源工具包,用于从体外显示库中处理长时间读取的测序数据.
- 使用Seq2scFv来识别和表征V(D) J重组在VH和VL区域.
- 实现用于链接推断,序列翻译,编号,唯一标识符编码和对相同序列的量化等功能.
主要成果:
- Seq2scFv成功地注释了从全长scFv序列中对联的VH和VL域.
- 该工具包提供了翻译的序列,编号的链条和链接器的表征.
- Seq2scFv可以使用唯一标识符进行序列编码,并通过选择轮量化序列丰富.
结论:
- Seq2scFv通过使scFvs.v的综合分析成为可能,解决了在抗体发现中的关键方法差距.
- 该工具包的多功能和独立功能简化了显示库的表征.
- 预计Seq2scFv的实施将加速识别用于生物治疗开发的高亲和抗体候选人.
