单核DNA测序流量排序存档冷和甲固定氨酸嵌入的固体瘤
Yumei Zhou1, Xianfeng Chen1, Jocelyn S Chapman2
1Department of Research, Mayo Clinic in Arizona, Scottsdale, AZ, USA.
BMC genomics
|October 8, 2024
概括
我们从存档的瘤组织中优化了单核DNA测序 (snDNA-seq),使得罕见癌症亚克隆的深度分析成为可能. 这种方法提高了价值丰富的FPE和冷样本用于个性化癌症治疗的使用.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 癌症研究 癌症研究
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 存档的组织 (FFPE,冷) 对癌症基因组学和个性化治疗非常有价值.
- 单细胞DNA测序 (scDNA-seq) 可以揭示瘤异质性和演变.
- 局限性包括细胞产量低,DNA质量问题以及存档组织中的样本复杂性.
研究的目的:
- 优化从存档的新鲜冷 (FF) 和FFPE瘤组织中单个核的流量分类和测序.
- 为单细胞测序开发质量控制 (QC) 指标和生物信息管道.
- 为了能够对档案瘤样本进行深度单细胞克隆分析.
主要方法:
- 优化流量分类,以从FF和FFPE组织中分离完整的核.
- 实施了QC指标,用于核隔离和图书馆准备的每个步骤.
- 开发了一个生物信息管道,用于处理和分析单细胞测序数据.
- 使用卵巢癌样本和向测序小组的验证方法.
主要成果:
- 成功地从档案FF和FFPE组织中分离出适合snDNA-seq的完整核.
- 建立了质量控制步骤,以优化样本准备和深度分析的选择.
- 数据处理管道有效地识别了具有可变基因组的瘤中的罕见亚克隆.
结论:
- 一个基于流量分类的协议从档案FF和FFPE组织中提供完整的snDNA-seq核.
- 开发的质量控制步骤增强了样本准备和深度单细胞克隆分析的选择.
- 数据处理管道成功捕获了具有复杂基因组变异的瘤中的罕见亚克隆.
