SMARTdb:用于探索生殖医学单细胞多组数据的综合数据库

科学领域:

• 生殖生物学 生殖生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.

背景情况:

• 单细胞多基因组测序正在推进生殖研究,但数据可访问性仍然是实验科学家面临的挑战.
• 需要一个集中的,用户友好的平台来探索繁殖中的庞大和不断增长的单细胞多omics数据集.

研究的目的:

• 引入单细胞多组生殖地图 (SMARTdb),这是一个探索生殖发育,衰老和疾病的综合平台.
• 提供涵盖多个学科,多个物种和多个阶段生殖数据的综合资源.

主要方法:

• 策划和分析了来自6种物种的200多万个单细胞转录基因和表观基因特征.
• 开发了一个用户友好的平台,具有功能,包括基因表达查询,自定义绘图和表观基因组可视化.

主要成果:

• 在人类和模型生物之间确定了RPL39L和RPL10L的男性生殖细胞特异性表达模式.
• 发现DNA低甲基化和开放色素可以协同调节男性和女性生殖细胞中的RPL39L表达.

结论:

• SMARTdb提供了一个强大的工具,用于数据挖掘,并产生对生殖生物学的新见解.
• 该平台有助于探索导致生殖发育,衰老和疾病的分子动力学.