使用内部标准进行的安普利康序列测定,可以获得精确的皮科亚诺细菌细胞丰度,并通过流动细胞计验证
Alexandra E Jones-Kellett1,2, Jesse C McNichol3,4, Yubin Raut1,3
1Department of Earth, Atmospheric, and Planetary Sciences, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, United States.
ISME communications
|October 9, 2024
概括
海洋微生物生态学家现在可以准确地量化微生物细胞的丰富性,使用内部基因组标准的amplicon测序. 这种方法为皮科亚诺细菌提供绝对细胞计数,对于了解海洋生态系统健康至关重要.
科学领域:
- 海洋微生物生态学
- 海洋学 海洋学 海洋学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 准确的微生物丰富性和多样性对于了解海洋生态系统功能至关重要.
- 传统的流细胞计提供细胞的丰富性,但有限的分类分辨率.
- 安普利康序列提供了高的分类学多样性,但通常只相对丰富.
研究的目的:
- 开发和验证一种方法,以绝对量化海洋环境中的微生物种类.
- 为了评估安普利康序列测序的准确性,结合内部基因组标准来测量细胞丰度.
- 为了比较安普利康衍生的细胞计数与海洋皮科奇亚诺细菌的流动细胞计数据.
主要方法:
- 使用内部基因组标准的浮游生物样本.
- 使用515Y-926R原始体对16S rRNA基因进行安普利康测序.
- 使用模拟社区进行定量验证.
- 结果与流细胞计数据的比较.
主要成果:
- 使用基因组标准的安普利康测序协议准确测量了绝对体积基因拷贝丰度.
- 对于*Prochlorococcus*和*Synechococcus*的片衍生细胞丰度与流细胞计数据 (斜率=1.01,r=0.9942) 非常相匹配.
- 该方法可靠地在复杂的环境样本中量化海洋皮科西亚诺细菌.
结论:
- 这种方法可以通过使用安普利康序列测序,准确地计算海洋皮科亚诺细菌的绝对细胞数量.
- 该方法预计将为其他放大种群提供可靠的体积基因拷贝估计.
- 这一进步有助于理解海洋微生物社区的结构和功能.
关键词:
16S rRNA 是一个16S rRNA.北太平洋北太平洋的海洋.甲菌 (Prochlorococcus) 是一种甲菌.这就是Synechococcus.绝对的丰富是绝对的丰富.安普利康序列的测序方法流动细胞计量是流动细胞计量的方法.内部基因组标准 内部基因组标准皮科西亚诺细菌 (picocyanobacteria) 是一种细菌.这是一个spike-in.更多相关视频
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