EVE-X:软件用于识别下一代短读数据在野生捕捞的节肢动物宿主中的新型病毒插入
Jessen Havill1, Olivia Strasburg2, Tessy Udoh3
1Department of Computer Science, Bucknell University, Lewisburg, Pennsylvania, USA.
Molecular ecology resources
|October 9, 2024
概括
研究人员开发了一种新程序,用于检测宿主基因组中的非逆转录病毒综合RNA病毒序列 (NIRVS). 这个工具有助于了解过去的病毒感染和宿主抗病毒反应.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 病毒学 病毒学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 细胞基因组包含非逆转录病毒RNA病毒的序列,称为内源性病毒元素 (EVE) 或非逆转录病毒综合RNA病毒序列 (NIRVS).
- 这些集成的病毒序列作为病毒感染的历史记录,并在宿主抗病毒免疫力中发挥作用.
研究的目的:
- 开发和验证一个用户友好的计算程序,用于在宿主基因组内识别NIRVS.
- 评估该程序的准确性和适应性,以检测病毒序列整合.
主要方法:
- 创建了一个新的程序来处理样本BAM文件并识别候选NIRVS,它们的宿主插入点和重叠的基因组特征.
- 软件输出的结果是XML和视觉格式,用户干预最小.
- 分析了来自不同地理区域的222只野生捕获的Aedes aegypti蚊子的短读测序数据.
主要成果:
- 该计划成功地确定了A. aegypti蚊子基因组中的七个不同的病毒家族的假定NIRVS.
- 开发的软件的准确性与现有的NIRVS检测工具相美.
- 与当前的方法相比,管道表现出更好的适应性和用户友好性.
结论:
- 新程序提供了一种准确,可适应和用户友好的方法,用于检测宿主基因组中的非逆转录病毒综合RNA病毒序列 (NIRVS).
- 该工具的灵活性允许在各种生物体中应用,促进对病毒进化和宿主-病原体相互作用的研究.
- 潜在的应用包括识别用于载体控制和研究目的的综合转基因序列.
