通过全基因组结合,HOXDeRNA激活癌症转录程序和超级增强剂
Evgeny Deforzh1, Prakash Kharel2, Yanhong Zhang1
1Department of Neurology, Brigham and Women's Hospital and Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA.
长非编码RNAHOXDeRNA通过与转录因子促进体结合,将人类星体细胞转化为质瘤细胞. 这一过程激活了瘤基因,揭示了质生成中共享的RNA依赖机制.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 长非编码RNAs (lncRNAs) 在癌症发展中的作用尚未完全理解.
- LncRNA LINC01116 (HOXDeRNA) 之前被确定为天体细胞转化为质瘤细胞的因素.
研究的目的:
- 阐明HOXDeRNA驱动恶性细胞转变的全基因组机制.
- 在质生成过程中识别HOXDeRNA的特定分子相互作用和基因组点.
主要方法:
- 他们使用了CRISPR编辑,Chirp-seq,iMargi,Chip-seq,HiC和RNA/DNA FISH.
- 研究了HOXDeRNA与CpG岛屿和转录因子的相互作用.
- 分析了RNA结构和蛋白质相互作用 (PRC2,EZH2) 在HOXDeRNA功能中的作用.
主要成果:
- HOXDeRNA直接与35种质瘤特异性转录因子的促进体中的CpG岛屿结合,包括SOX2,OLIG2,POU3F2和ASCL1.
- HOXDeRNA将这些转录因子从多抑制复合体2 (PRC2) 抑制中释放出来.
- 这种依赖RNA的机制需要一个特定的RNA四重复结构和与EZH2和CpG相互作用的HOXDeRNA段.
- 转化导致通过SOX2/OLIG2依赖的超级增强剂激活瘤基因 (EGFR,miR-21,WEE1).
结论:
- 霍克斯德RNA在天体细胞转化为类似质瘤的细胞中发挥着核心的全基因组作用.
- 涉及HOXDeRNA,转录因子和表观遗传调节的共享RNA依赖机制与质生成有关.
- 这项研究为了解天体细胞转化过程中的事件序列提供了一个框架,并强调HOXDeRNA作为潜在的治疗点.
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