秋多种植物 (Heshouwu) 和F.多种植物 (var.) 的T2T基因组组合. 这是一个角形
Shaohua Zeng1,2, Changjuan Mo3, Bingqiang Xu1,4
1Guangdong Provincial Key Laboratory of Applied Botany, Key Laboratory of National Forestry and Grassland Administration on Plant Conservation and Utilization in Southern China, South China Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences, South China National Botanical Garden, Guangzhou, 510650, P.R. China.
Scientific data
|October 9, 2024
概括
为了Fallopia多种植物品种AYY和CYY,创建了端粒对端粒的基因组组. 这些高质量的基因组为了解药物化合物生物合成和实现遗传改进提供了宝贵的资源.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 植物科学 植物科学
- 药用化学 医学化学
背景情况:
- 秋多种植物是一种以其健康益处而闻名的中国传统药用植物.
- 它的治疗特性与 antraquinones 和 stilbene glycosides 有关.
- 在F. multiflora var.之间存在明显的变异. 格拉塔 (CYY) 和其他品种 (AYY) 的复合成分.
研究的目的:
- 为了执行端粒对端粒 (T2T) 基因组组装两个品种的落多种植物:AYY和CYY.
- 为F. multiflora提供高质量的基因组序列,以促进进一步的研究.
- 支持研究专门代谢物的生物合成和精确的遗传改进.
主要方法:
- 利用PacBio HiFi读取和Hi-C数据进行基因组测序和组装.
- 采用端粒对端粒 (T2T) 测序策略来完成基因组的构建.
- 通过使用诸如contig N50,gap number,BUSCO,LAI和QV等指标评估基因组组装质量.
主要成果:
- 成功组装了AYY (1,458.37 Mb,70.48%的重复,84 768 基因) 和CYY (1,174.38 Mb,67.36%的重复,69 100 基因) 的T2T基因组.
- 实现了高连续性 (contig N50: AYY 的112.58 Mb,CYY 的94.83 Mb) 和完整性 (BUSCOs:>97%).
- 在两个组件中确认了高准确性 (QV>51) 和最小的间隙 (≤9).
结论:
- 为F. multiflora (AYY和CYY) 生成的T2T基因组具有高度连续性,完整性和正确性.
- 这些高质量的参考基因组是研究专门代谢物生物合成的关键资源.
- 这些组件将有助于精确的基因改进Fallopia多种植物,用于药物应用.
