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Updated: Jun 11, 2025
08:38
Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation Sequencing
Published on: February 24, 2015
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通过通过纳米孔长读测序来表征原生CpG甲基化,精细绘制监管变体
Yijun Tian1, Shannon K McDonnell2, Lang Wu3
1Department of Tumor Microenvironment and Metastasis, Moffitt Cancer Center, Tampa, FL 33612, United States.
bioRxiv : the preprint server for biology
|October 10, 2024
概括
长读纳米孔测序使得本地甲基组分析成为可能,揭示了长距离的联合甲基化和异位基因特异性模式. 这种方法保留了哈普洛型信息,为基因组调节和表观遗传变化提供了新的见解.
科学领域:
- 表观遗传学和基因组学
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 5甲基细胞素 (5mC) 是CpG位点上的一个关键的表观遗传修饰.
- 对于5mC检测的短读测序方法面临PCR偏差和等位基因信息丢失等局限性.
- 现有的技术在长距离联合甲基化分析和变异特异性甲基化检测方面扎.
研究的目的:
- 使用纳米孔长读测序来描述人类甲基组概况.
- 为了证明长读序列的潜力,以长距离的共甲基化分析与本地修改调用.
- 研究基因特异性甲基化及其与人类前列腺基因组中染色质可访问性的相关性.
主要方法:
- 使用纳米孔适应性采样测序,针对人类CpG岛屿.
- 应用链接不平衡 (LD) R2用于联合甲基化分析和识别的甲基化型块 (MHBs).
- 执行了基于长读的分相,并比较了5mCG信号以识别基因特异性甲基化,整合了ATAC-seq数据.
主要成果:
- 在细胞系中识别了众多的MHB,其中很小的一小部分显示长距离联合甲基化 (≥1,000bp).
- 在转录因子结合部位周围发现了差异性的5mC甲基化模式 (例如,在CTCF/KLF5下降,在FOXE1/ZNF354A上升).
- 在22Rv1细胞中发现了6390个单 haplotype 特定的甲基化区域,甲基化和染色质可访问性之间存在负相关性.
结论:
- 纳米孔长读测序提供了原生甲基组概况,保留了关键的单元型信息.
- 这种方法使得可靠的长距离联合甲基化分析和对异位基因特异性甲基化的鉴定.
- 这些发现为了解基因组调节提供了一种新的方法,特别是在人类前列腺基因组的背景下.
