短读和长读下一代测序技术的比较,用于确定HIV-1抗药性
Camille Vellas1,2, Amira Doudou3, Sofiane Mohamed3
1CHU de Toulouse, Laboratoire de Virologie, Toulouse, France.
Journal of medical virology
|October 10, 2024
概括
准确检测HIV-1药物耐药性突变需要先进的测序. 短读 (DeepChek®) 和长读 (PacBio SMRT) 下一代测序 (NGS) 方法都对HIV-1基因组分析有希望.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 准确识别HIV-1药物耐药性突变 (DRMs) 对于有效治疗HIV-1 (PWH) 患者至关重要.
- 下一代测序 (NGS) 技术为检测小变异提供了增强的能力,在临床实验室中越来越容易获得.
- 对比不同的NGS方法对于优化HIV-1基因组测序策略至关重要.
研究的目的:
- 为了比较短读NGS协议 (DeepChek®全基因组HIV-1检测在Illumina) 与长读NGS协议 (PacBio SMRT对HIV-1pol和env基因的测序) 的性能.
- 评估两种方法在检测HIV-1 (PWH) 感染者的血和细胞样本中的药物耐药性突变 (DRM) 的准确性和灵敏性.
主要方法:
- 分析了来自PWH的16个血和13个细胞样本.
- 使用DeepChek®全基因组HIV-1测试在Illumina iSeq.上进行全基因组测序. 一百一十. 一百一十. 一百一十.
- 采用了PacBio SMRT测序与循环共识测序,用于HIV-1多元和内基因的Sequel IIe.
主要成果:
- 对于DRM检测的一致率因HIV-1区域而异,在整合酶区域的一致率更高.
- 在低病毒载荷等离子体样本中,DeepChek®测定显示出对HIV-1 RNA测序的优越灵敏度.
- 在细胞DNA测序中,DeepChek®对pol和env的表现更好,但发现了更多的APOBEC诱导的DRM,可能表明有缺陷的前病毒.
结论:
- 无论是DeepChek®全基因组HIV-1测定和PacBio SMRT测序,都在HIV-1亚型确定和DRM检测/量化方面表现良好.
- 在细胞样本中观察到的差异强调了解释HIV-1 DNA DRM的复杂性.
- 选择NGS方法可能取决于具体的临床应用,样本类型和病毒载量.
