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Updated: Jun 11, 2025
11:26
Sequencing of mRNA from Whole Blood using Nanopore Sequencing
Published on: June 3, 2019
13.6K
条形码 100K 标本:在单个纳米孔运行中运行
Paul D N Hebert1, Robin Floyd1, Saeideh Jafarpour1
1Centre for Biodiversity Genomics, University of Guelph, Guelph, Ontario, Canada.
Molecular ecology resources
|October 10, 2024
概括
DNA 条形码推进了生物圈管理的物种识别. 新的纳米孔测序技术大大降低了成本,使得大规模的动物物种普查可行,每标本0.01美元.
科学领域:
- 生物多样性研究的研究.
- 基因组技术 基因组技术
- 保护科学 保护科学
背景情况:
- 全球生物圈管理需要全面的物种数据,但高成本限制了数据采集.
- DNA条形码通过BIN系统自动识别动物物种,但需要负担得起的测序.
- 之前的高通量测序平台很昂贵,限制了可访问性.
研究的目的:
- 评估使用牛津纳米孔技术 (ONT) 测序器用于大规模DNA条形码的成本效益和可行性.
- 为了证明最近在ONT流细胞技术的进步使生物多样性研究能够实现高通量,低成本的DNA测序.
主要方法:
- 利用ONT MiniION和Flongle流细胞进行聚合的安普利康的DNA测序.
- 具有特征的安普利康池代表每个MinION流量细胞多达10万个标本,每个Flongle流量细胞多达数千个标本.
- 计算了DNA测序步骤的每个样本的成本.
主要成果:
- ONT最新的R10.4.1流量电池提供了更好的保真度,克服了以前的采用障碍.
- 一个单一的MinION流细胞成功地描述了来自10万个标本的集合样本.
- 一个Flongle流细胞处理了几千个标本的聚合样本.
- 每个样本的DNA测序成本降至0.01美元,成为工作流程中最便宜的步骤.
结论:
- 牛津纳米孔测序技术,特别是R10.4.1流细胞,为大规模DNA条形码提供了经济有效的解决方案.
- 这种技术进步显著降低了对进行全面物种普查的障碍,有助于生物圈管理.
- 现在,DNA测序在经济上可行,用于分析完成动物物种清单所需的数十亿个标本.
